Próby wcześniejszych reform Uniwersytetu Krakowskiego, podejmowane przez biskupów krakowskich Załuskiego i Sołtyka oraz działalność profesorów Putanowicza, Badurskiego, czy Żołędziowskiego, nie przyniosły spodziewanych efektów. Przygotowały jednak grunt pod wprowadzenie istotnych zmian, a przede wszystkim stworzyły ferment, który spowodował, że sam Uniwersytet wyraźnie dostrzegł celowość przeprowadzenia zmian i konieczność dostosowania macierzystej uczelni do innych, przodujących w Europie uniwersytetów. Potrzebna była osoba, która opracowałaby skuteczny plan reformy i konsekwentnie wprowadziła go w życie. Tego zadania podjął się Hugo Kołłątaj, młody, zdolny, zafascynowany przeszłością krakowskiej uczelni, zachęcany przez swych dawnych profesorów. Z entuzjazmem przystąpił do niełatwego zadania wyciągnięcia z marazmu swojej Alma Mater. Już w 1776 roku przesłał na ręce, prezydującego w Komisji Edukacji Narodowej (1773), bpa Michała Poniatowskiego dokładny opis stanu Uniwersytetu. Następnie, już z jego polecenia, a przy skrytej współpracy z władzami uczelni, opracował szczegółowy plan reformy. Dzięki temu kolejne memorandum władz Uniwersytetu Krakowskiego zachęcające Komisję do wykorzystania drzemiącego w nim potencjału padło na podatny grunt i przełamana została początkowa nieufność KEN wobec skostniałej instytucji.

W kwietniu 1777 roku Kołłątaj dostał od Komisji Edukacji Narodowej instrukcje w celu przeprowadzenia reformy Szkół Nowodworskich, przygotowujących młodzież do dalszej nauki w Uniwersytecie. Sprawnie przeprowadzone zmiany, zachęciły Komisję do powierzenia Kołłątajowi wdrożenia reform już na samej uczelni.

Reformę rozpoczęto od wydziału filozoficznego, którego częściową reorganizację przeprowadzono w 1778 roku. Kołłątaj zatroszczył się również o sprawy materialne i finansowe uczelni na nowo organizując zarządzanie jej majątkiem (w tym dobrami pojezuickimi po przeprowadzonej w 1773 roku kasacji zakonu), w całości oddanym teraz w ręce prokuratora oraz, dzięki uporządkowaniu archiwum, odzyskując wiele zaległych dochodów Uniwersytetu.

Wreszcie w 1780 roku Komisja Edukacji Narodowej ogłosiła uchwałę o organizacji szkolnictwa w Polsce, na mocy której (zgodnie z głównym postulatem Kołłątaja) wprowadzono hierarchię szkolną. Na jej czele w Koronie stanął Uniwersytet Krakowski przemianowany w dniu 29 września  na Szkołę Główną Koronną.
Dalsze działania Hugona Kołłątaja zmierzające do naprawy szkolnictwa, chociaż spowolnione przez intrygi nielicznych niechętnych mu profesorów oraz członków kapituły krakowskiej, ukoronowane zostały wyborem księdza kanonika na stanowisko rektora Szkoły Głównej Koronnej w 1782 roku. Funkcję tę pełnił do roku 1786, kończąc ze swoimi oddanymi współpracownikami, m.in. Janem Śniadeckim i Janem Jaśkiewiczem dzieło reformy.