Przyznać z żalem trzeba, że sławna ta niegdyś całej Polski szkoła
w bardzo lichym znajdowała się stanie.
(Hugo Kołłątaj, Stan oświecenia w Polsce w ostatnich latach panowania Augusta III)


W połowie XVIII wieku Uniwersytet podzielony był na cztery wydziały: filozoficzny, lekarski, prawa i teologiczny. Na czele Uniwersytetu stał rektor, a ciałem ustawodawczym było Zgromadzenie Uniwersytetu. Nie istniała specjalizacja naukowa. Największą liczbę profesorów zatrudniano na wydziale filozoficznym, ponieważ profesorowie zaczynali swą karierę od filozofii, przechodząc później na tzw. wydziały wyższe, czyli prawo, medycynę, teologię. Wydziały te nie przedstawiały się dobrze pod względem naukowym. Na prawie rozwijała się głównie kanonistyka, nie znano jeszcze nowoczesnego prawa natury, zaniedbano całkowicie prawo polskie. Wydział lekarski istniał jedynie formalnie. Wydział teologiczny nie rozwijał żadnej twórczej pracy, nie brał udziału w toczących się za granicą dyskusjach i sporach religijnych.

Na posiedzeniach Rady Uniwersyteckiej nie poruszano żadnych kwestii naukowych, załatwiano jedynie sprawy formalne, a pewne ożywienie wywoływały jedynie zatargi z jezuitami oraz sprawa kanonizacji św. Jana Kantego, a także wewnętrzne spory pomiędzy wydziałem prawnym a teologicznym. Prace ogłaszane przez krakowskich profesorów około połowy XVIII wieku to same niemal panegiryki, kalendarze i prognostyki astrologiczne.

Pensje profesorskie były bardzo niskie, wyjąwszy korzystających z beneficjów teologów, nie mieli przy tym do swojej dyspozycji żadnych zakładów naukowych. Biblioteka, bogata wprawdzie w stare druki i bezcenne nieraz rękopisy, nie posiadała dzieł nowszych.

Przyczyną takiego stanu rzeczy było ogólne zacofanie kulturalne i społeczne kraju w czasach saskich. Niemałe znaczenie miał też fakt, że w początku XVII wieku Kraków przestał być siedzibą dworu królewskiego, co skutkowało zubożeniem miasta i brakiem zainteresowania ze strony władz państwowych.

Nie oznacza to jednak, że zanim Kołłątaj pojawił się w Krakowie, nie podejmowano prób zreformowania Akademii Krakowskiej. Wśród prekursorów odnowy znaleźli się m. in.: Andrzej Stanisław Załuski, Alojzy Putanowicz i Antoni Żołędziowski.